纪州南高梅の染色体レベルでの高精度ゲノム解読―気候温暖化适応型品种改良に贡献D

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 山根久代 農学研究科准教授、向子帆 同特定助教、Yuan-Jui Lin 同修士過程学生(研究当時)、西山総一郎 同助教、田尾龍太郎 同教授らの研究グループは、高級梅干し?梅酒ブランド「紀州南高梅」としても知られるウメ「南高」のゲノムを、ハプロタイプレベルで解読することに成功しました。  

 本研究グループは、気候変动による収量不安定化の主な要因となっている开花や発芽の温度応答性形质について、それらを决定する遗伝领域を同定し育种の高度化をはかることを目的に、「南高」のゲノム解読と蚕罢尝解析を行いました。最新ロングリードシークエンス技术による塩基配列解読とアッセンブル技术を用いることで、8本×2组=合计16本の染色体から构成される合计478.7惭产の配列データを明らかにしました。さらに、「南高」がもつ第4染色体の2つのハプロタイプの1つに生じた5.6惭产の染色体逆位が発芽期の多様化に寄与する可能性を明らかにしました。

 本研究成果は、「南高」だけでなく日本に分布する他のウメ品种群の参照ゲノムとして広く利用され、今后の気候温暖化适応型ウメ育种の効率化に贡献することが期待されます。

 本研究成果は、2024年12月4日に、国際学術誌「DNA Research」にオンライン掲載されました。

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解読した「南高」ゲノム(左)、「南高」の开花の様子(右上)、结実の様子(右下)
研究者のコメント
「日本の重要なウメ品种である『南高』ゲノムをハプロタイプレベルで高精度に解読できたことを大変うれしく思っています。现在、技术进展とともに、様々な作物种で次々にゲノム解読が进んでいます。本研究を契机にウメの研究?品种改良を加速化できればと考えています。」(山根久代)

「台湾に由来するウメの遗伝资源を活用することにより、本研究では発芽の多様性について新たな知见を得ることができました。台湾出身で日本で研究を行っている研究者として、日台の遗伝资源を融合させた本プロジェクトに参加できたことは、大変意义深いものです。」(向子帆)

研究者情报
研究者名
山根 久代
研究者名
向 子帆
研究者名
西山 総一郎
研究者名
田尾 龍太郎
书誌情报

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【书誌情报】
Tzu-Fan Hsiang, Hisayo Yamane, Lin Yuan-Jui, Miku Sugimori, Soichiro Nishiyama, Kyoka Nagasaka, Ryohei Nakano, Ryutaro Tao (2025). The haplotype-phased genome assembly facilitated the deciphering of the bud dormancy-related QTLs in Prunus mume. DNA Research, 32, 1, dsae034.

メディア掲载情报

産経新聞(2025年2月28日夕刊 7面)に掲載されました。