学部?大学院
- 文学部?文学研究科（ 、 ）
- 教育学部?教育学研究科（ 组织図 、 役割分担 ）
- 法学部?法学研究科（ 组织図 、 役割分担 ）
- 経済学部?経済学研究科（ 组织図、役割分担）
- 理学部?理学研究科（ 、 役割分担 ）
- 医学部?医学研究科（ 组织図 、 ）
- 薬学部?薬学研究科（ 、 ）
- 工学部?工学研究科（ 组织図 、 役割分担 ）
- 农学部?农学研究科（ 、 役割分担 ）
- 総合人间学部?人间?环境学研究科（ 、 役割分担 ）
- エネルギー科学研究科（ 、 ）
- アジア?アフリカ地域研究研究科（ 、 ）
- 情报学研究科（ 、 役割分担 ）
- 生命科学研究科（ 组织図 、 役割分担）
- 総合生存学馆（ 组织図 、 役割分担）
- 地球环境学堂?学舎（ ）
- 公共政策大学院（ 组织図、役割分担 ）
- 経営管理大学院（ 组织図 、 役割分担 ）
研究所
- 化学研究所（ ）
- 人文科学研究所（ 组织図、役割分担 ）
- 医生物学研究所（ 、 役割分担 ）
- エネルギー理工学研究所（ 、 役割分担 ）
- 生存圏研究所（ 、 役割分担 ）
- 防灾研究所（ 、 役割分担 ）
- 基础物理学研究所（ 组织図 、 役割分担 ）
- 経済研究所（ 、 役割分担 ）
- 数理解析研究所（ 、 ）
- 复合原子力科学研究所（ 、 ）
- 东南アジア地域研究研究所（ 、 ）
- 颈笔厂细胞研究所（ 、 ）
教育研究施设等
- 学术情报メディアセンター（ 组织図、役割分担 ）
- 生态学研究センター（ 组织図、役割分担 ）
- 野生动物研究センター（ 组织図、役割分担 ）
- 総合博物馆（ 组织図、役割分担 ）
- フィールド科学教育研究センター（ 、 役割分担 ）
- 福井谦一记念研究センター（ ）
- ヒト行动进化研究センター（ 组织図、役割分担 ）
- 人と社会の未来研究院（ 组织図 、 役割分担 ）
- 学生総合支援机构（ 、 役割分担 ）
- 大学文书馆（ 组织図 、 ）
- アフリカ地域研究资料センター（ 组织図 、 役割分担 ）
- 白眉センター（ ）
- 学际融合教育研究推进センター（ ）
- 国际高等教育院（ 组织図 、 役割分担 ）
- 大学院教育支援机构（ 、役割分担 ）
- 环境安全保健机构（ 组织図 、 役割分担 ）
- 情报环境机构（ 组织図、役割分担 ）
- 図书馆机构（ ）
- 成长戦略本部（ 组织図、役割分担 ）
- 附属図书馆（ 组织図、役割分担 ）
- 高等研究院（ 、 ）
- 学术研究展开センター（ 、 役割分担 ）