运営方针会议
运営方针会议は、中期目標?中期計画および予算?決算に関する事項（運営方針事項）について決議するとともに、決議した内容に基づいて適切に法人の運営が行われているかどうかについて監督します。
役员会
役员会は、重要な組織の設置?廃止及び変更に関する事項、その他重要な規則の制定?改廃に関する事項などを審議します。
経営协议会
経営协议会は、法人の経営に関する重要事項について審議します。
教育研究评议会
教育研究评议会は、京都大学の教育研究に関する重要事項を審議します。
部局长会议
部局长会议は、京都大学の経営及び教育研究を円滑に行うために必要な連絡、調整及び協議を行います。
このほか、研究科长部会、総长选考?监察会议などがあります。